A segunda temporada de Quase Anjos começa com a separação dos protagonistas Nico e Cielo. Ela está em outra dimensão espiritual chamada de Eudamón (antes conhecida apenas por uma ilha), graças a sua autosuperação, que logo a levou a atravessar (no final da primeira temporada) o portal da mansão, oculto por um misterioso relógio. Apesar disso, Nico está totalmente concentrado na busca de Cristiano e Malvina (que está grávida de Nico), que foram sequestrados e estão perdidos na selva logo depois de terem se salvado de um acidente de avião.

Depois que Nico encontra Cristiano e Malvina, e consequentemente o nascimento de sua filha "Esperança", todos regressam a mansão e Nico finalmente funda o "Lugar Mágico" na sede da antiga Fundação BB (Bartolomé Bedoya). Sua intenção é oferecer aos garotos um refúgio que sirva de base para começarem suas vidas em rumos felizes, mas não chegaram a seu objetivo tão facilmente. Entre outros problemas, Justina reaparece escondida em uma falsa identidade de sua prima Felicitas.

Nico, que havia perdido toda a esperança de se reencontrar com Cielo, encontra uma nova relação amorosa com Franka para que assim volte a ser feliz. Então Cielo reaparece, que volta amnésica de Eudamón, não sabe sua verdadeira identidade e não tem lembranças da sua vida passada, mas sabe que tem uma missão secreta.



Durante um acampamento de verão os garotos retomam com a banda musical, que irá aos poucos alcançando o sucesso a medida do possível. De volta a cidade, eles começam a estudar no Colégio Rockland, onde surgirão novos conflitos e rivalidades, tanto amorosas como musicais. Entre os personagens que entram na segunda temporada estão Salvador, Luca, Franka e Melody. Salvador é muito solidário e evita de falar da sua trágica historia familiar; seus pais e sua mulher morreram em um acidente aéreo. Luca, que é inteligente e líder natural, cresceu desamparado na rua. Franka é uma investigadora, filha de pais alemães que a educaram de uma maneira trágica e intolerante. Melody é perfeccionista como Franka mas a sua diferença é que ela tem uma personalidade temperamental e solidária.

No meio de tudo isso, eles estarão prestes a descobrir o homem que passará a atormentar a vida deles para sempre. E assim, entre encontros e desencontros, vão encontrando novas histórias de amor e de amizade. Paralelamente, se envolvem em novas aventuras e novos sonhos.